След ровене в Google и бъркотия с конфигурацията, в крайна сметка решението беше много по-просто:
- В MagicaVoxel натиснете раздела, за да преминете в световен режим.
- Натиснете Преместване > Земя за преместване на модела на земята.
- Запазете и експортирайте и всичко отново е подредено :)